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台大牙醫學系前身是1910年成立的臺北帝大附屬醫院齒科學教室,1955年開始招收第一屆牙醫學系大學部學生; 歷經郭水主任、洪鈺卿主任、陳坤智主任、關學婉主任以及系上各位師長的共同努力,1988年終於成立”牙醫科學研究所”碩士班、1991年增設博士班。1996年更名為”臨床牙醫學研究所”並於2001年開始招收碩士學位在職專班學生。歷經二十年的歲月,不論在教學、服務及研究各方面均已有長足的進步。1988年本所成立之際,第一任所長由牙醫學系主任韓良俊教授兼。韓教授為本系第二屆畢業生,1965年負笈日本大學進修,專攻口腔顎面外科學,1970年獲得齒學博士學位;1972年返台任教,並於1988年擔任牙醫學系系主任、台大醫院牙科部主任以及牙醫科學研究所(後改為現在之所名)所長一職,直至1994年卸任。其間並於1991年設立本研究所博士班,積極推動檳榔與口腔癌相關之研究、教學、診療與宣導,成立身心障礙牙科門診,並著手第二個研究所口腔生物科學研究所之規劃與申請,爭取成立。

之後第二任所長為謝季全教授。謝教授為本系第六屆畢業生,並於1972年獲得GC獎學金至日本東京醫科齒科大學齒學部第二補綴學講座進修。之後回母校擔任教職,並於1994年至2000年期間擔任本系系主任、本研究所所長以及台大醫院牙科部主任。推動國際交流, 與瑞典Malmo University牙醫學院締結姐妹校, 推動與美國哥倫比亞大學牙醫學院師資與學生的交流; 並積極網羅優秀的校友回系所任教,建立牙醫系所有競爭力的教師陣容。

第三任所長為藍萬烘教授。藍教授亦為本系第六屆畢業生,畢業後赴日本深造,並獲得東京醫科齒科大學博士學位。繼謝主任後,藍教授於2000年至2006年期間擔任本系系主任、本研究所所長以及台大醫院牙科部主任,並於2001年起設立碩士學位在職專班學生,以供有心於學術研究之臨床醫師於看診之餘可進行研究,增加專業素養。亦舉辦多次的牙醫科學日研究生與住院醫師論文競賽,使得研究成果有顯著提升。藍所長本身亦積極參與國際學會,他除了是口腔雷射學的權威之外,亦擔任中華牙醫學會理事長、FDI與APDF國際組織的國家代表。

第四任所長為林俊彬教授。林所長為本系第20屆畢業生,之後遠赴美國明尼蘇達大學攻讀博士學位,並於1994年獲得明尼蘇達大學口腔生物學博士。2006年後擔任本系系主任、本研究所所長以及台大醫院牙科部主任。林所長上任後積極進行牙醫學教育研究學程、臨床前模擬教學、牙科臨床診療及軟硬體設備的更新計畫,並極力推動國際交流與合作研究。 努力朝設立專業口腔醫學院前進,進行全方位的牙醫學教育與病患的口腔醫療照護,為臨床牙醫所的永續發展奠定基礎。

第五任所長為郭彥彬教授。郭所長亦為本系第22屆畢業生,畢業後赴美國賓夕法尼亞大學攻讀博士學位。2008年牙醫專業學院成立後,在林俊彬 院長兼任所長的帶領下,第一目標為短期內成立口腔醫學院,2009年八月系所主管獲准分設,由郭彥彬教授接任本所所長,努力推動本所成為國際知名的臨床專科醫師訓練中心與口腔醫學研究的重鎮。

第六任所長為陳敏慧教授,為現任所長。陳所長亦為本系第22屆畢業生,畢業後赴紐西蘭深造,並獲得奧克蘭大學生物醫學材料工程學博士。陳所長上任後,致力於本所教學研究服務之精進,發展優質教學及卓越的研究策略,提升各臨床專科訓練、學術研究、醫療照護等專業服務,建立產學合作平台,發展跨領域、跨院系的合作模式,以期成為國際合作研究中心及臨床專科國際性醫療教育訓練中心。

目前台大臨床牙醫學研究所設有碩士班和博士班,並可細分為以下數組,包括:矯正、補綴、口腔診斷及病理、兒童牙科、牙體復形、口腔顎面外科、牙周病、牙髓病等八組,主要從事臨床牙醫學的研究與專科醫師訓練。每組每年招收二到四名碩士班研究生,修業年限為二到四年,並需修滿二十四學分(需含各組所規定之必修課程,不含碩士論文)方得畢業。博士班則限定修滿十八學分(需含規定之必修課程,不含博士論文)方得畢業。另外碩士學位在職專班每年招收九位,也需修滿二十四學分(需含各組所規定之必修課程,不含碩士論文)方得畢業。目前許多本所所訓練的碩博士畢業生,均已在社會各個工作崗位上有所成就。

本研究所設立以來,招收了台灣及各國精英前來就讀。原在1988年成立時,取名為「牙醫科學研究所」,後來因配合「口腔生物科學研究所」之設立,於1996年三月一日依據台大醫學院1995學年第七次院務會議決議,正式更名為「臨床牙醫學研究所」。 歷任系主任及所長以來,所上每位師長無不以成立口腔醫學院為目標,並加強師資陣容,自國內外延攬優秀人才回校任教,並戮力於牙醫學教育之改進,以培養國內優秀之臨床牙醫以及科學研究人員。